外国公司想在日本拓展业务，首先需要考虑的就是在日本设立据点。虽然有的商务买卖前期可以通过在日本的代理店，但是随着业务的扩大，在日设立据点必不可少。
在日设立的据点通常有三种类型。
・驻日事务所
・日本分店
・日本公司（株式会社或者合同会社）
注）在日本成立公司的时候，一般是株式会社或者合同会社。如果是外国总公司100％出资的话，日本分公司的設立，公司运营，各种手续以及纳税等方面，两者几乎没有区别，通常成立的是株式会社。
由于在日设立据点的类型不同，组织类型，税金以及手续费都有所不同，有必要根据公司的方针选择最合适的形式。
各种类型据点的优点·缺点
驻日事务所
优点
- 由于无须在日登记以及申报纳税，可以轻松开始。
缺点
- 能开展的业务受到限制。例如，事务所代替公司名义签订契约等等
- 事务所不允许开展以盈利为目的的营业活动。由于日本税务局无法准确判断在日事务所的业务活动是否如实，申办较严格。
日本分店
优点
- 由于登录的免许税比成立日本公司便宜，成立的时候无须资本金，无须定款认证等等，初期花费比较低。
- 取缔役变更的时候无须登记。设立后的维持费用比成立日本公司便宜。
- 在日分店的损失或者利益与海外总公司绑定一起核算。如果分店亏损，海外总公司的纳税额会降低。
- 与海外总公司间产生了共同的花费，分店可以帮忙分担。
- 分店盈利后向海外总公司汇款时，所汇的金额原则上在纳税范围之外。
缺点
- 与在日成立公司相比，社会信任度不够高，很难在金融机关申请到融资。
- 在日分店如果发生了债务，海外总公司需要承担责任赔偿。
- 成立时所需要的材料繁琐。例如需要海外公司法人的登记材料，分店成立理由等，还需要日文版。
- 如果海外总公司的登记信息有变动，在日分店的登录信息也需要相应变动。
- 申报法人税的时候需要提供总公司的财务决算书。由于总公司决算日期和日本可能不一直，申请日期可能会产生延迟。
- 如果总公司的资本金很多，相比成立公司，分店所要负担的地方税份额更高。
- 如果总公司的资本金很多，相比成立公司，分店所要负担的地方税份额更高。
日本分公司（株式会社·合同会社）
优点
- 可以得到日本社会的长期信任，向金融机关融资相对容易。株式会社与合同会社两者相比，目前普遍存在的是株式会社，已占到99%。
- 日本公司破产后，原则上海外总公司不用负任何责任。
缺点
- 公司成立时的费用相比分店较高。
- 在日公司盈亏，海外总公司的纳税不会因此减少。
- 日本公司盈利，向海外总公司汇款时需收20%的源泉征收税。
※如果海外总公司所在国与日本有租税条约，另外计算。 - 每10年，需要办理取缔役变更登记。
日本分店·日本公司的区别
虽然日本分店与日本公司都可以以盈利为目的开展营业活动，但在设立以及税务方面有如下区别。
| 日本分店 | 日本公司 | |
| 以盈利为目的的营业活动 | 可 | |
|---|---|---|
| 登记的必要性 | 必须 | |
| 资本金的额度 | 不要 | 1円以上 |
| 代表取缔役以及取缔役的任命 | 不要 但是，必须任命在日本的负责人※任命的日本分店的负责人可以多人,而且身在海外的外国人也可以。其中必须要有1名居住在日本（需要有住民登録记录）。 | 至少1名 ※代表取締役人员中必须要有1名居住在日本（需要有住民登録记录）。 |
| 监督职位 | 不要 | 可以任选 |
| 公司名的制限 | 必须以海外总公司同名登記 | 无限制 |
| 以公司名义开设銀行账户 | 可 | |
| 在日产生盈利时的课税范围 | 只征收日本国内源泉所得 | 只征收日本国内源泉所得 |
| 会计结算 | 期间必须与总公司保持一致。分店的盈亏需要结合总公司的所得核算。 | 期间无须与总公司保持一致。 直接核算在日公司的盈亏即可。 |
| 向海外总公司汇款 | 可 | |
| 向海外总公司汇款的课税范围 | 无课税。 | 通常20％。如果与日本有租税条約，另算。 |
| 诉讼 | 涉及到海外总公司 | 原则上与海外总公司无关 |
| 成立时需要的时间 | 约1.5个月 ※由资料准备的情况而定 | 約1.5个月 ※由资料准备的情况而定 |
| 成立所需费用 | 登记的税金 9万円 无须定款认证 | 登記的税金• 株式会社登記的税金：15万円～（根据資本金多少有变动）合同会社登記的税金：定额6万円定款认证的税金：52,500円 |
| 成立所需材料 | （海外）总公司的与登記事項有关的宣誓供述書日本分店负责人的印鑑登録証明書日本分店登記印 | （海外）总公司的与登記事項有关的宣誓供述書日本法公司的定款代表取締役的印鑑登録証明書日本公司登記印 |
※驻日事务所无法以盈利为目的开展营业活动，无须登记。
另外，申请银行账户无法以事务所名义，只能以个人名义申请。